Depois de demitir após cinco anos no cargo o treinador Rogério Zimmermann, o Brasil de Pelotas anunciou Clemer como substituto. A confirmação foi feita pelo presidente Ricardo Fonseca na manhã desta sexta-feira, após a coletiva de despedida do ex-técnico.

Em 2013,  o  ídolo colorado assumiu o clube como interino após a demissão de Dunga e foi efetivado, mas no ano seguinte foi realocado para comandar o time sub-23. Após deixar o Inter, treinou o Glória-RS, entre 2015 e 2016, ano em que saiu do clube. Na sequência, comandou o Sergipe na campanha do título estadual.

Clemer assume o Brasil de Pelotas em uma situação complicada. O time é o 16º colocado da Série B, com 17 pontos, a um ponto da zona de rebaixamento.